重磅干货!蛋白结构分析、模型构建富集分析、成分-靶点图绘制、代谢-酶网络关联图绘制及研究思

原标题:重磅干货!蛋白结构分析、模型构建,富集分析、成分-靶点图绘制、代谢-酶网络关联图绘制及研究思路数据分析详解

《基础班:CADD专题》:详细讲授蛋白结构分析、同源建模、Autodock分子对接、虚拟筛选、蛋白-蛋白相互作用预测、构效关系分析、基于碎片药物设计等专业技术。

《进阶班:薛定谔专题》:详细讲授使用薛定谔软件进行分子对接(半柔性、柔性)、虚拟筛选、药效团虚拟筛选、构效关系预测分子活性等专业技术。

系列课程(二)进阶班:薛定谔分子对接、药效团、3D-QSAR专题培训课表

《Amber分子动力学专题》:详细讲授模型构建及力场文件生成、能量优化、溶剂模型、MM/PBSA方法结合自由能计算、3D可视化分析、构象分析、能量及相互作用分析等专业技术。

课程(三)进阶班:AMBER分子动力学能量优化、结合自由能计算专题课程表

《代谢组学及网络药理学专题》:详细讲授化学成分筛选、成分靶点预测、疾病靶点获取、化合物与疾病靶点映射、PPI网络绘制、富集分析、成分-靶点图绘制、代谢-酶网络关联图绘制及研究思路及数据分析专业技术。

《人工智能药物设计技术与实践》详细讲授分子表征及特征提取、结构、数据预处理、人工智能药物设计算法和软件、特征选择、模型的评价与解释、类药性和ADMET评价实践、GRK2抑制剂筛选实践专业技术。

《基础班:CADD专题》使大家能够针对自己感兴趣的靶点或药物,进行基于结构或基于配体的药物设计与筛选,以便用于后续的进一步化学合成以及活性验证。

本章带大家了解药物研发流程、CADD在药物研发中的运用场景、企业中药物设计的运用,掌握基于结构和基于配体药物设计方法的区别、学会根据自己的研究场景选用合适的方法,掌握基于靶点药物设计原理及步骤、药物与靶点相互作用力的类型等。

本章带大家掌握PDB数据库的详细使用方法,对靶点进行背景研究:如靶点的结构、作用机理、关键位点等,掌握对靶点的多个晶体结构进行分析关键步骤以及PDB数据库的批量下载方法。

本章主要带大家掌握pymol查看尼洛替尼与靶点的相互作用及相互作用的氨基酸,并导出结合模式图、制作结合口袋表面图,学会选取至少三个Bcr/Abl靶点的PDB结构进行叠合,做出叠合图及制作蛋白相互作用简单动画、学会下载ACE2和新冠病毒Spike的蛋白晶体复合物,并制作蛋白-蛋白相互作用图,以便后续对自己感兴趣靶的相互作用分析。

本章主要带大家掌握模板的确定、单序列或多序列比对、靶标模型构建、模型优化及模型验证等过程方法,并详细讲授2019新冠病毒spike蛋白同源建模过程及结果评价方法。掌握蛋白序列建模,并根据相应参数和方法评价模型。

本章主要带大家掌握已知的化合物结构,先绘制分子骨架,再补充原子标签,计算出该分子的理化性质。

本章主要带大家掌握AutoDock分子对接的步骤:准备配体和受体文件、准备格点文件、分子对接计算、对接结果分析与评价(能量分析、聚类分析、X-ray晶体构象对比、最优结合构象的选择)。并以1IEP晶体复合物为例,详细讲授利用AutoDock分别完成半柔性对接和柔性对接过程。

本章主要详细讲授运用PyRx进行虚拟筛选过程:准备受体格点文件、准备配体小分子、进行虚拟筛选、虚拟筛选结果分析。掌握针对1IEP晶体复合物及小分子库文件利用PyR

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